בנם הבכור של מלכה ועמוס. יהונתן נולד בירושלים ביום י"ז בסיוון תשמ"ב (8.6.1982). אח בכור של משה יצחק, שרה ודוד אברהם.

"יהונתן נולד במהלך מלחמת שלום הגליל", סיפרו הוריו, "מגיל צעיר הוא התאפיין בערנות, בסקרנות ובתבונה. כל דבר עניין אותו – חקר דברים, פרק והרכיב והיה מלא רעיונות ... כבן בכור הוא היה ילד מאוד אחראי ורציני ומצד שני סקרן, יצירתי וחכם. תלמיד מצטיין, מתעניין מאוד במחשב, בבנייה והרכבה של דברים שונים (מלגו) מאתגר אותנו על מנת לעמוד בקצב שלו ובתחומי ההתעניינות המגוונים".

יהונתן, שנקרא יוני בפי כל אוהביו, למד בירושלים. בגיל שלוש הוא החל ללמוד בתלמוד תורה "מורשה", המשיך לבית ספר יסודי "נעם" ולארבע שנות תיכון ב"ישיבה לצעירים" שליד מרכז הרב. כמעט בלי להתאמץ הוא הצליח מאוד בלימודיו, ותמיד בלט במוסריותו ובטוב ליבו – יהונתן הירבה לעמוד לצידם של ילדים עם קשיים חברתיים או קשיים בלימודים, ועזר להם ככל יכולתו.

על יהונתן הנער סיפר אחיו יצחק: "נשמנו יחד את אוירה המיוחד של ירושלים, בגן המשחקים שעות בילינו יחד. זיכרונות ילדות צפים ועולים, ילדות צוהלת - משותפת.
השנים חולפות ואתה גדל. וכשאתה, יוני, גדל אתה הופך להיות משהו כמו... אבא קטן! בוגר ואחראי. כבר מגיל צעיר 'תפסת פיקוד'. אותנו, האחים, לטיולים ומסעות לקחת. מנהיגות אצלך זרמה בדם. דאגת, סידרת, ארגנת, והכול על הצד הטוב ביותר ..."

גם בתיכון בלט יהונתן כתלמיד מוביל ועצמאי. מעבר ללימודים הוא התעניין מאוד במחשבים וכן העביר שעות בקריאת ספרים מכל סוג ובהאזנה למוזיקה. הוא גם הירבה לטייל בארץ, עם אחיו ועם חברים.

בהיותו בתיכון החל יהונתן לעצב את דרכו כנער מתבגר, כתבו הוריו: "עם העוצמות שלו חצב בהר על מנת לברר את דרכו. נאמן לאמת שלו לא קיבל שום דבר כמובן מאליו, חקר וברר את הזהות האישית, הדתית, החברתית ואת העצמאות שלו. לאט לאט התחיל יהונתן לבנות לעצמו את עולמו ואת שאיפותיו".

בתום י"ב החליט יהונתן להמשיך ל"בני דוד" בעלי - מכינה ישיבתית קדם-צבאית בה הוא למד שלוש שנים. "שם נבנתה מתוך בירור עמוק", סיפרו הוריו של יהונתן, "קומה רוחנית וזהות אישית מבוררת ומסודרת, ומתוך כך הגיע להחלטה שהוא רוצה להתגייס לשירות כמה שיותר משמעותי".

יהונתן בלט במכינה כתלמיד רציני ושקדן. במהלך לימודיו יהונתן הכין סיכומים מסודרים של כחמש-מאות שיעורים ששמע, ובתום לימודיו מסר עותק שלהם לראש הישיבה. במכתב פרידה מהמקום כתב: "המכינה נתנה לי חיים ... אני תפילה ותקווה שאמצא ראוי לצבוא צבא, אעשה מלחמה בכל כוחי ונפשי ואל יבושו בי שולחי".

עם סיום פרק המכינה בחייו כתב יהונתן את השיר "והנה הסוף קרב":
"והנה ההתחלה מתרחקת / והנה קרבה הפרידה, ומה מתרחקת?
חלק ממני נשאר, אך מה שנשאר אותי עוזב / איכה אמצא את משפחתי, אשר אני כה אוהב? יש לנו אש יוקדת ומדויקת / ואם תחסר אתה יחסר קודש, תחסר פעימה, אך תחסר מליבך דאגה / בזכותך תישאר בוערת להבת האהבה ..."

יהונתן התגייס לצה"ל ב- 31/07/2003, בהיותו כבן עשרים ואחת. הוא התנדב ליחידת מגלן, יחידה קרבית מיוחדת, סיים בהצלחה את המסלול וכסמל הוביל את צוותו להישגים מיוחדים.

יאיר, חייל חבר קיבוץ שהיה בצוות של יהונתן, סיפר עליו ועל ויכוחים אידיאולוגיים ביניהם: " ... אף אחד לא רצה להיות זה שיצא לו להיות נגדו. כי הוא היה יותר חזק, יותר מורעל, יותר מזיע, יותר נחוש, יותר.... יוני כזה. קשה להסביר מה יותר אבל זה לבטח משהו יותר. כי ככה הוא היה – כזה יותר כזה ...בתרגיל בן ארבעה לילות רצופים באותה עמדה ... אני נדחסתי הצידה לא רק בגודל אלא גם בוויכוחים. לא היה צורך בתורנויות שמירה, מי יישאר ער ומי ינסה לישון ללא הצלחה. יוני ואנוכי בדיונים וויכוחים העברנו את הזמן יותר טוב מתמיד. וזה המקום להודות. לא היו לי התשובות ליוני. וגם אם היו לי, מה שלא קרה, הכוח והאמונה שלו היו אלו שגברו עלי".

לקראת תום שלוש שנות שירות החובה החליט יהונתן, להפתעת הקרובים לו, לצאת לקורס קצינים. משסיים את הקורס בהצטיינות הוא שובץ, לבקשתו, בחטיבת הצנחנים, בגדוד 202. הוא קיבל מחלקה בעייתית אך עד מהרה הפך אותה למצטיינת, וכעבור זמן קצר נבחר כקצין מצטיין חטיבתי.

סיפר תת-אלוף חגי מרדכי, שכמפקד חטיבת הצנחנים היה מפקדו של יהונתן: "אני זוכר היטב את המבצע עליו יוני פיקד במערב העיר חברון, מרחב שצה"ל לאורך שנים מיעט לפעול בו באופן רציף. יוני ביוזמתו זיהה הזדמנות מבצעית, יזם, תכנן והוביל את המחלקה בנוהל קרב שלא היה מבייש יחידה מיוחדת, וכמובן פיקד על הכוח בשטח. יוני וחייליו פעלו בשטח אזרחי צפוף כשהם שומרים על משמעת מבצעית למופת, מצליחים להיטמע בשטח, לזהות אויב ולצאת בהפתעה מהבית בו שהו, להסתער ולפגוע במחבלים.
ויוני ראשון – ראשון בחשיבה היצירתית וביוזמה על מקום הפעולה ואופן הביצוע, ראשון בהובלת נוהל הקרב, ראשון בהובלת המשימה בשטח ובעת זיהוי האויב, ראשון להחליט לתת פקודות, להגיב, וראשון לקום ולהסתער. ובהמשך, במסגרת התחקיר, למרות התוצאה המבצעית האיכותית, יוני באומץ ותוך יושרה מקצועית ראשון להציג את שגיאותיו, ראשון ללמוד וללמד ... עבורי יוני יישאר תמיד אוהב אדם, ישר, הגון וצנוע, לוחם נחוש ומנצח, קצין עם ברק בעיניים ומפקד שלוקח אחריות אישית, קובע נורמות וסטנדרטים ומשמש דוגמה ומופת".

יהונתן אהב מאוד לטייל בארץ ובחו"ל, וכשקיבל חופשה במעבר בין תפקידים בצבא הוא יצא לטיול בתאילנד. במהלך הטיול הוא נפצע בתאונת אופנוע, אך למרות צליעה קלה שב לתפקוד מלא. תפקידו האחרון היה סגן מפקד פלוגת החוד בגדוד, בדרגת סגן.

יהונתן הוכיח את עצמו כמפקד מקצועי, שקול ואחראי, אשר מילא כל משימה שהוטלה עליו בצורה הטובה ביותר. תכונותיו הטובות, וביניהן טוב לב והיותו איש אמת בלתי מתפשר, בלטו לאורך כל שירותו: כחייל, ובעיקר כמפקד, הוא הירבה לעזור לחיילים בכל בעיותיהם, ובכל מצב האמת הייתה נר לרגליו. יהונתן מעולם לא הוציא דבר שקר מפיו, גם כששילם על כך מחיר אישי. הוא תמיד ידע ליטול אחריות על כל מעשיו, אך גם לא היסס להשמיע ביקורת כשצריך.

סיפר תת-אלוף הרצי, שהיה מפקד חטיבת הצנחנים: "קיימנו בחטיבה קורס לסגני מפקדי פלוגות, והגעתי לשוחח עם הקצינים שבקורס ... יוני ביקש לדבר – הוא מתח ביקורת נוקבת על כמה נושאים בחטיבה. בישירות, בצניעות ובנעימות אמר יוני דברים קשים ... האופן בו יוני התבטא גרם לי לחשוב. הרהרתי בכך רבות אחרי השיחה, ומהר מאוד הבנתי שזה לא מניח לי מפני שיוני היטיב לנסח עבורי דברים שהטרידו אותי מאוד אך לא ידעתי להצביע על כך במדויק. הזדהיתי מאוד עם דבריו של יוני, למדתי מהם ואני מקווה שזה סייע לי לשפר".

ניר, חבר של יהונתן מהלימודים בישיבה ומפקד שלו ביחידה, סיפר: "היכולת האמיתית לקרוא תיגר על הספר, ללמוד, לא לקבל הכול כמובן מאליו, לחקור, לשאול עד שירדת לשורש העניין, ליוותה אותך גם עם הנשק. שברת את המסגרת ובנית מסגרות חדשות יצירתיות יותר, מעמיקות ומתוחכמות יותר. דפוס המחשבה היה מקורי, אותנטי ... אותן תכונות אמת שליוו אותך בישיבה באו לידי ביטוי בצבא. העצמאות המחשבתית, הרצון ללמוד היו ערכים שאפיינו אותך בכל השירות".

במהלך שירותו יהונתן נשא לאישה את ציונה (לבית חורי). בני הזוג התגוררו בקדומים שבשומרון, שם נולדה בשנת 2008 הבת מעיין.

סיפרה אימו של יהונתן: "... והנה הגיעה החתונה שהעלתה אותך לשיא חדש. מצאת בציונה השלמה נפלאה לשאיפותיך הרוחניות, מצאת בה מרגוע ונעימות ואתה מאושר ומחייך, דואג ומפנק את שאהבה נפשך ... והנה נולדה מעיין, ואתה מתגלה כאבא אוהב, דואג ומגן ומחלק את זמנך באותה מסירות בין הצבא ובין המשפחה... וגם אלינו אתה לא שוכח להגיע, נינוח, מחויך ומאושר יותר מתמיד ..."

ויהונתן עצמו כתב להוריו, באחד ממכתביו אליהם: "לאבא ואימא היקרים לי מאוד! לא יוצא לי לבטא הרבה במילים את אשר אני חש כלפיכם, והלילה הרגשתי שזוהי הזדמנות טובה. אני מרגיש שכל הדברים הטובים שיש בי, הם מכם. ראשית מהקשר הטהור שלכם שהוליד בי נשמה כזו, ובהמשך לכל אורך הדרך החינוך, ההשקעה והמסירות שלכם כלפי עשתה אותי למה שאני ...
כיום, בשלב זה בחיי, הקשר עם ציונה משמעותי מאוד בעבורי, ואני מרגיש איזה שהוא סיכום. תמצית של כל הטוב הזה מלווה אותי לקשר הזה עם מטען שלם – מכם ..."

בדצמבר 2008, יצא צה"ל למבצע "עופרת יצוקה" ברצועת עזה, שמטרתה לצמצם את הירי לעבר ישראל ולחזק את ההרתעה.

יהונתן נפל בקרב ברצועת עזה ביום י' בטבת תשס"ט (5.1.2009), במהלך המבצע. בן עשרים ושבע בנפלו. הוא הובא למנוחת עולמים בבית העלמין הצבאי בהר הרצל, ירושלים. הותיר אישה ובת, הורים, שני אחים ואחות.

אחרי נפילתו הועלה יהונתן לדרגת סרן.

זמן מה לפני נפילתו, במפגש לזכר חבר, אמר יהונתן: "הרבה פעמים בזמן האחרון יצא לי להיפגש עם המוות, וזה כל פעם מחדש מדגיש לי שהמוות בעצם לוקח את הגוף, את החומר, ומשאיר לנו את הצד האידיאלי שבאדם, את הצד הטוב, את הצד המוסרי, את הצד שדרכו אנחנו יכולים לבוא ולהתעלות ולזכך את החיים שלנו".

ספד ליהונתן אחיו יצחק: "יוני, נלקחת מעימנו במהלך מבצע 'עופרת יצוקה' ביום י' בטבת, שהוא יום צום ואבל לאומי. ואכן אבלך אבל לאומי. גם אישיותך - היא אישיות כלל ישראלית.
יוני אותך אנו אוהבים המון, מתגעגעים כל הזמן ולעולם לא שוכחים. אתה חסר לנו, ותחסר עוד המון – אבל נשאב מגבורתך כוחות ונדע להתגבר ולהתמודד.
אני מבטיח לך יוני אחי היקר, שאת אהובות נפשך ציונה ומעיין נשמור ונלווה לאורך המסע העומד לפניהן".

במלאת שלושים לנפילת יהונתן ספדה אימו מלכה: "... בני יהונתן האהוב, כמו בחייך בעולם הזה שהיו מלאי עוצמה, גבורה ומסירות, כך במותך עלית בסערה השמימה, עם נשמתך הטהורה. אני יודעת שקשה לך להישאר חמש דקות במקום אחד אבל אנא ממך אל תלך לשום מקום, תישאר במחיצתם של קדושים וטהורים ותמשיך ממקומך המרומם לדאוג לכל עם ישראל, לכל משפחתך ובמיוחד לציונה ומעיין ..."

במפגש ביום השנה לנפילת יהונתן אמר אביו עמוס: "... יוני במסע החיים ירד כמה תחנות לפני כל אחד מאיתנו, אבל ישנה אפשרות לפגוש אותו שוב, אם נוכל לעצור את מרוץ החיים ונצעד לקראתו, אל אותן המידות הנצחיות שקיימות ביוני וניקח אותן איתנו למסע חיינו. נדמה לי שהחלטה כזאת תיתן משמעות עמוקה למפגש שלנו הערב, וזאת המתנה, ההזדמנות שאנחנו מקבלים עם מותו של יוני.
אני מאחל לכולנו הצלחה. ולוואי שנהיה ראויים לך יוני ..."

במלאת שנה לנפילת יהונתן נשא דברים מפקדו, סגן-אלוף יניב: "... כמה חכם היית, שהרי לא היססת להפגין גם חולשות וללמוד כשצריך, גם אם הגעת מיחידה מיוחדת למחלקת ותיקה בגדוד, ידעת לשמוע אמת מפי מי שאמרה.
כמה גיבור היית, שהרי כיבוש היצר הוא תחילתו של סיפור הגבורה היהודית. גבורה יהודית איננה מתחילה אל מול פני האויב כי אם מול היומיום המתרחש עלינו.
כמה עשיר היית, שהרי פשוט היה לראות את מבטי אהבתך לציונה, למעיין הקטנה, ולראות איך עיניך נוצצות כמביטות ביהלומים חיים. אשרינו בעולם הזה, טוב לך בעולם הבא.
כמה מכובד היית, שהרי הענקת לכל אחד מאיתנו כאילו הוא הברייה היחידה עלי אדמות, כאילו לא יכולת לחלק את הקשב, ריכזת אותו כל פעם עבור אדם אחד.
והרי אומרים במותם ציוו לנו את החיים, ומהו הציווי אותו מספר סיפור חייך יוני?
ציווי של אחדות ישראל בכל מחיר, אהבת חינם. ציווי של דרך ארץ, של קטנות האדם הפרטי וגודלו של הציבור. ציווי של מסירות נפש יהודית מתוקה, חייכנית, נצחית ...
יוני נתנאל הוא סיפורו המופלא של הצנחן הישראלי. אנחנו גאים בו, מלמדים את דרכו וזוכרים בחיוך ובאהבה".

במלאת שנה לנפילת יהונתן הפיקה משפחתו את הסרט "שנה איתך ובלעדיך", הניתן לצפייה ברשת האינטרנט. בסרט מתוארות תחנות חייו באומר ובתמונות ומספרים עליו בני משפחה, חברים, מפקדים וחיילים שלו.

יהונתן הונצח בכמה דרכים: בנה של אחותו שרה נקרא על שמו, וכך גם נקראו תינוקות נוספים. נכתב ספר תורה על שמו של יהונתן, במכינה בעלי נקראה כיתה על שמו, והוחלט על הענקת מלגות לימודים לילדים לזכרו.

יהי זכרו ברוך.